Hmmm! Tu problema es Windows!! Lo que se me ocurre, es que te bajes las versiones sin instalador. Configurarlo a mano, en directorios distintos. En el my.cnf configura para que cada instalación escuche en un purto distinto. De forma predeterminada, MySQL escucha en el puerto 3306. Configura una instancia para que escuche en el 3310 y otro en el 3320 por ejemplo.

Luego tendrás que iniciar cada instancia de forma manual. O mediante servicios, pero tienen que ser distintos.

De esta forma tenes ambos programas (los servidores) corriendo, en distintos directorios, por lo tanto no comportarten el mismo directorio de datos; y escuchan en puertos distintos así los podemos identificar.